O desembarque do português Tomé de Sousa no atual Porto da Barra no dia 29 de março de 1549 deu início a construção da cidade-fortaleza fundando oficialmente a chamada Cidade do Salvador. Tomé de Souza foi nomeado pelo rei dom João III como primeiro governador-geral do Brasil. Chegou com seis embarcações, trazendo mais de mil pessoas para a colônia. A razão principal de sua vinda para a colônia portuguesa na América foram as revoltas promovidas pelos indígenas, onde a presença dos portugueses não era efetiva. Tendo o dever de proteger militarmente o território contra invasões de piratas estrangeiros, distribuiu armas e munições aos colonos e ordenou a construção de várias fortalezas em pontos estratégicos. Além de soldados e colonos, nessa época também vieram para o Brasil os primeiros padres jesuítas, que, liderados por Manuel da Nóbrega, teriam a missão de catequizar os indígenas e converte-los ao catolicismo. A cidade foi capital da colônia até 1763, quando foi tran...
A distribuição das chamadas capitânias hereditárias foi a primeira tentativa feita pelo governo português para ocupar e melhor explorar seu território na América. Com o fracasso desse sistema levou o rei de Portugal a nomear um governador geral para a colônia. Durante o primeiro século da colonização, os portugueses ocuparam efetivamente apenas as regiões litorâneas onde inicialmente se desenvolveram as únicas atividades lucrativas para a metrópole, ou seja, a exploração do pau-brasil e a produção de açúcar. Com a União Ibérica (1580-1640) houve a momentânea anulação do Tratado de Tordesilha [1]