O desembarque do português Tomé de Sousa no atual Porto da Barra no dia 29 de março de 1549 deu início a construção da cidade-fortaleza fundando oficialmente a chamada Cidade do Salvador. Tomé de Souza foi nomeado pelo rei dom João III como primeiro governador-geral do Brasil. Chegou com seis embarcações, trazendo mais de mil pessoas para a colônia. A razão principal de sua vinda para a colônia portuguesa na América foram as revoltas promovidas pelos indígenas, onde a presença dos portugueses não era efetiva. Tendo o dever de proteger militarmente o território contra invasões de piratas estrangeiros, distribuiu armas e munições aos colonos e ordenou a construção de várias fortalezas em pontos estratégicos. Além de soldados e colonos, nessa época também vieram para o Brasil os primeiros padres jesuítas, que, liderados por Manuel da Nóbrega, teriam a missão de catequizar os indígenas e converte-los ao catolicismo. A cidade foi capital da colônia até 1763, quando foi tran...
A partir de 1530 Portugal deu início de fato a colonização do Brasil ocupando seu território e organizando o governo para a colônia. Para realmente povoar a terra e garantir a sua posse os portugueses perceberam que era necessário desenvolver uma atividade econômica que compensasse o empreendimento e que provocasse o cultivo permanente do solo. Por várias razões os portugueses escolheram a produção de açúcar para garantir a colonização. As primeiras mudas de cana de açúcar chegaram ao Brasil pelas mãos de Martin Afonso por volta de 1533 e o primeiro engenho foi instalado na capitania e São Vicente. Durante os séculos XVI e XVII o açúcar foi o principal produto exportado pela colônia portuguesa na América. Ninguém no mundo produzia mais açúcar do que Portugal.